Pro přesné vyčíslení emisních nákladů na převoz a uložení CO₂ je potřeba znát konkrétní parametry – způsob přepravy, formu CO₂, vzdálenost, objem apod. Obecně se ale uvažuje, že při přepravě a vstřikování může dojít k únikům okolo 0,5–1,5 % na tunu CO₂.
Úplné vyloučení úniku nelze nikdy garantovat, ale u metod ukládání do hlubinných slaných akviferů (1,5–6 km pod zemí) je riziko velmi nízké – CO₂ se tam stává součástí geologických struktur. Největší zkušenosti s CCS mají Kanada a USA, kde se technologie používá už od 70. let.